본 교단의 초석은 1938년 9월, 제 27회 조선예수교 장로회 총회에서 신사참배를 '국가의식'으로 가결함에 따라 이를 반대한 이계실 목사(1921. 함남 함주군 동천면 풍서리에 덕천교회 설립, 평양신학교 26회 졸업)의 주도하에 함남노회를 탈퇴(1938. 9.10)함으로 놓여졌습니다. 일제 신사참배 및 동방요배를 일사각오로 배척하고 신앙의 절개를 지킨 5개 교회 (덕천교회, 동상리교회, 기곡교회, 장흥교회, 상수리교회)가 이계실 목사의 인도를 받아 순교를 각오한 믿음의 길을 걷기 시작한 것입니다.

이후 1950. 6.25사변이 일어난 다음해 1.4 후퇴 시, 이계실 목사는 인도하던 5개 교회의 교우 130여명을 이끌고 경남 거제도 연초면 연사리로 이주, 교회를 설립하여 “연합 덕천교회”라 이름하게 되었습니다. 이후 1954년 3월 23일, 부산 문현동에 교회와 교우들의 저택을 건축 후 잠시 정착하다가 1955년 3월, 서울 신길동으로 이전하여 교회와 학교 및 교우들의 가옥을 건축하여 정착하였습니다.

이와 같이 청교도적 순수한 믿음과 투철한 보수 개혁 신학으로 신앙의 순결을 지키고자 했던 성도들은 모 교회인 동천교회를 중심으로 1962년 신림동에 신천교회를, 1967년 3월에는 신대방동에 대천교회를, 구로동에 창대교회를 개척하면서 서울, 경기, 강원, 충청, 전라를 비롯한, 미주, 호주, 일본 등 계속적으로 교회를 설립해 나가기에 이르렀고, 이를 바탕으로 대한예수교장로회(순장) 총회를 구성하여 오늘에 이르렀습니다.

뉴욕교회는 본 교단의 미주지역 최초의 교회로 1977년 9월 4일 첫 회집을 갖고 설립되었습니다.